Semillas apoya el fortalecimiento institucional de organizaciones de mujeres, para que puedan redimensionar la forma de entender su función social, su manera de operar y de organizarse, a partir del desarrollo de sus recursos, capacidades y herramientas. El fortalecimiento institucional no sólo es un proceso que favorece el crecimiento interno del grupo u organización, sino que implica un análisis de su articulación con su entorno.
Actualmente, en este programa se encuentra la siguiente organización:
Fortaleza de la Mujer Maya (FOMMA), Chiapas
